전자상거래에서도 면세는 원래 부가가치세 과세 대상인 거래 중 법에서 정한 거래에 세금을 면제하는 것이고, 비과세는 애초에 부가가치세 과세 대상 거래에 해당하지 않는 것을 뜻합니다.
부가가치세법은 가공되지 않은 식료품, 수돗물, 일정한 의료·교육 용역, 토지 등 정해진 재화와 용역의 공급을 면세 대상으로 열거하고 있습니다. 따라서 온라인으로 판매하거나 제공하더라도 실제 거래가 법에서 정한 면세 항목과 요건에 해당하면 면세가 적용될 수 있습니다. 예를 들어 온라인 판매라는 방식만으로 면세 여부가 정해지는 것은 아닙니다.
면세사업자는 해당 공급에 부가가치세를 붙이지 않지만, 그 면세사업을 위해 지출한 비용에 포함된 부가가치세는 원칙적으로 매입세액으로 공제받을 수 없습니다. 즉, 매출 단계에서 세금을 받지 않는 것과 매입 단계의 부가가치세를 돌려받는 것은 별개의 문제입니다.
비과세는 면세처럼 과세 대상 거래에 예외적으로 세금을 면제하는 것이 아니라, 해당 거래가 부가가치세 과세 대상인 재화·용역의 공급이나 재화의 수입에 해당하지 않는 경우를 말합니다. 부가가치세법은 사업자의 재화·용역 공급과 재화의 수입을 과세 대상으로 정하고 있으므로, 거래가 그 범위에 들어가는지부터 판단해야 합니다.
따라서 온라인에서 이루어진 거래라고 해서 모두 과세되는 것은 아니며, 반대로 판매자가 ‘비과세’라고 표시했다고 해서 세법상 비과세가 되는 것도 아닙니다. 거래의 실질, 판매하는 물건이나 제공하는 서비스의 성격, 사업상 공급인지 등을 기준으로 구분해야 합니다. 면세는 법에 열거된 대상·요건을 확인하고, 비과세는 애초에 과세 대상 거래인지 확인하는 방식으로 판단하시면 됩니다.
참고로 영세율은 면세·비과세와 다릅니다. 영세율은 과세 대상 거래에 세율 0%를 적용하는 것이어서, 면세처럼 과세 대상에서 제외되는 것과 구분됩니다.