검진기관의 용역 공급시기는 일률적으로 검진일이나 결과 통보일 중 하나로 정해지는 것이 아니라, 계약상 제공하기로 한 검진용역이 실제로 완료된 때를 기준으로 판단합니다.
부가가치세법 제16조는 원칙적으로 역무의 제공이 완료되는 때를 용역의 공급시기로 봅니다. 따라서 계약상 용역이 검진 실시 자체라면 통상 검진을 마친 날이 기준이 될 수 있습니다. 반면 판독·분석과 결과 작성·통보까지가 계약상 검진용역에 포함되어 있다면, 검진만 끝난 날이 아니라 그 후속 업무까지 끝난 시점이 용역 완료 시점인지 살펴야 합니다. 결과 통보일이라는 이유만으로 항상 그날이 공급시기가 되는 것은 아닙니다.
실무에서는 다음을 확인해 공급시기를 정하시는 것이 좋습니다.
계약상 완료 기준이 분명하지 않거나 검진 시점에는 공급가액을 확정할 수 없는 경우에는, 시행령상 역무 제공이 완료되고 공급가액이 확정되는 때가 공급시기가 될 수 있습니다. 세금계산서는 원칙적으로 공급시기에 발급해야 하므로, 연간 검진을 모두 마친 뒤 한 번에 발급해도 되는지는 계약상 용역 완료 시점과 검진별 정산 구조를 함께 검토해야 합니다. 검진이 각각 완료되는 구조라면 연 1회 합산 발급이 적정하지 않을 수 있습니다.
검진 결과 통보가 검진용역의 일부인지 확인할 수 있도록 계약서, 검진 완료 기록, 판독·결과 작성일 및 통보 내역을 함께 보관해 두시는 것이 좋습니다. 제공된 정보만으로는 검진기관의 개별 계약상 용역 범위가 확인되지 않아, 특정 날짜를 일률적인 공급시기로 단정하기는 어렵습니다.