9월에 신고·납부한 상여금 500만 원만으로 미신고된 나머지 상여금까지 납부한 것으로 볼 수는 없고, 그 누락분을 연말정산 때 처리한다고 해서 9월부터 연말정산까지의 가산세가 자동으로 없어지는 것도 아닙니다.
누락분의 가산세 여부는 그 상여금을 언제 지급했는지와 그에 대한 원천징수세액의 납부기한이 언제였는지에 따라 판단해야 합니다. 누락분의 세액을 정해진 납부기한까지 내지 않았거나 적게 냈다면, 연말정산에서 추가 세액을 정산하더라도 앞서 지난 납부기한에 관한 가산세가 남을 수 있습니다. 반대로 누락분의 원천징수·납부기한이 아직 지나지 않았다면, 단지 연말정산 시점까지 시간이 흘렀다는 이유만으로 5개월분 가산세가 붙는다고 단정할 수 없습니다.
연말정산은 과세기간의 근로소득과 이미 원천징수한 세액 등을 합쳐 최종 세액을 정산하는 절차입니다. 추가 납부세액은 원칙적으로 다음 연도 2월분 근로소득을 지급할 때 원천징수하고, 추가 납부세액이 10만 원을 초과하면 다음 연도 2월분부터 4월분까지 나누어 원천징수할 수 있습니다(소득세법 제137조). 다만 이는 연말정산으로 추가 세액을 걷는 방법에 관한 규정이지, 누락된 상여금의 기존 원천징수·납부 지연을 소급해 면제하는 규정은 아닙니다.
따라서 현재 알려주신 사실만으로는 “5개월분 가산세가 반드시 있다”거나 가산세액을 계산할 수 없습니다. 500만 원을 신고·납부한 사실과 누락분은 구분하고, 누락분의 지급일, 해당 월 원천징수 신고·납부 여부 및 납부일을 기준으로 검토해야 합니다. 제공된 근거에는 원천징수세액의 지연 가산세 산식과 해당 상여금의 구체적인 납부기한이 모두 제시되어 있지 않아, 5개월분을 숫자로 산정하지는 않겠습니다.