연차수당을 근로소득으로 신고하지 않고 퇴직금 산정 시 공제하거나 다른 방식으로 처리하면 원천세 신고를 하지 않아도 되나요?

연차수당을 퇴직금 산정액이나 다른 항목에서 빼서 처리하더라도, 실제로 지급할 연차수당이 있었다면 근로소득 원천징수·신고를 생략할 수는 없습니다.

연차수당은 이름이나 회계처리 방식만으로 세금 분류가 달라지는 것이 아닙니다. 근로의 대가로 지급하는 급여라면 근로소득에 해당하므로, 사업주(원천징수의무자)는 지급할 때 소득세를 원천징수하고 관련 신고를 해야 합니다. 소득세법은 근로소득에 임금·상여·수당 등 근로의 대가인 급여를 포함하고, 근로소득을 지급하는 경우 원천징수하도록 정하고 있습니다.

따라서 다음처럼 구분해 처리하셔야 합니다.

• 연차수당을 실제 지급하는 경우: 근로소득으로 처리하고, 지급 시 원천징수한 뒤 신고합니다.
• 급여나 퇴직금과 상계·공제했다고 기록하는 경우: 장부상 항목을 바꾸는 것만으로 연차수당 지급 사실이나 원천징수 의무가 없어지는 것은 아닙니다. 실제로 어떤 채권을 얼마만큼 정산했는지에 맞춰 지급·원천징수 기록을 남겨야 합니다.
• 연차수당을 실제로 지급하지 않았고, 지급할 의무도 없는 경우: 단지 장부에 연차수당으로 적었다는 이유만으로 지급한 근로소득이라고 단정할 수는 없습니다. 다만 지급 의무가 있었는데 퇴직금 등에서 임의로 빼거나 미지급한 것이라면 세금 신고와 별도로 임금·퇴직금 정산 문제가 생길 수 있습니다.

앞서 말씀하신 것처럼 11월 5일에 연차수당을 실제 지급하는 상황이라면, 그 지급분을 퇴직소득으로 바꾸거나 퇴직금에서 차감해 원천징수를 피하는 방식으로 처리하지 않는 것이 안전합니다. 이미 지급했는데 근로소득 신고에서 빠졌다면, 누락된 지급·원천징수 내역을 정정하는 방향으로 확인하셔야 합니다. 다만 퇴직금과 연차수당을 법적으로 상계할 수 있는지는 실제 정산 합의와 지급 내역에 따라 별도로 판단해야 하며, 단순히 회계상 차감 처리했다는 사실만으로 적법하다고 볼 수는 없습니다.