연구개발전담부서 인정이 취소되면 세액공제는 언제부터 배제되나요?

연구개발전담부서의 인정취소 사유에 따라 세액공제 배제 기준일이 달라지며, 그 기준일 이후 발생한 연구개발비부터 공제받을 수 없습니다.

조세특례제한법 제10조제6항과 같은 법 시행령 제9조제18항·제19항은 기업부설연구소·연구개발전담부서의 인정이 취소된 경우, 취소 사유별로 공제 배제 기준일을 정하고 있습니다.

• 거짓이나 부정한 방법으로 인정받아 취소된 경우: 인정받은 날이 속하는 과세연도의 개시일부터 배제됩니다. 취소일보다 앞선 시점까지 거슬러 올라갈 수 있습니다.
• 시행령이 정한 취소 사유 중 제2호부터 제5호까지, 제8호부터 제10호까지에 해당하는 경우: 인정취소일부터 배제됩니다.
• 제6호·제7호 사유로 취소된 경우: 인정취소일이 속하는 과세연도의 개시일부터 배제됩니다. 취소일이 해당 과세연도 중간이라도 그 과세연도 초부터 적용되지 않습니다.

예를 들어 법인의 사업연도가 1월 1일에 시작하고 제6호·제7호 사유로 10월에 인정이 취소됐다면, 그해 1월 1일 이후 발생한 비용부터 공제 대상에서 제외됩니다. 반면 제2호부터 제5호까지 또는 제8호부터 제10호까지 사유라면 10월의 실제 인정취소일 이후 발생한 비용부터 제외됩니다.

따라서 취소 통지서에 적힌 취소 사유의 조항과 인정취소일, 그리고 해당 사업연도 시작일을 함께 확인해야 합니다. 이 기준은 취소 기준일 이후 발생하는 비용에 대한 세액공제 적용 여부를 정하는 것이며, 이미 공제받은 세액을 자동으로 추징한다고 단정할 수는 없습니다. 이미 신고한 연도의 공제는 취소 사유와 비용 발생 시점에 따라 별도로 검토해야 합니다.