페이오니아가 판매대금에서 수수료를 먼저 빼고 송금하더라도, 일반적으로 수수료를 매출액에서 차감해 부가가치세 과세표준을 신고하지 않습니다. 실제 판매대금은 매출로 신고하고, 페이오니아 수수료는 판매대금과 별도로 지급한 비용으로 구분하는 것이 원칙입니다.
부가가치세 과세표준은 과세기간에 공급한 재화·용역의 공급가액을 합한 금액입니다. 공급가액에는 공급받는 자에게서 받은 대가 등 금전적 가치가 있는 것이 포함됩니다. 반면 공급조건에 따라 판매자가 구매자에게 직접 깎아 준 금액은 공급가액에서 제외될 수 있습니다(부가가치세법 제29조제1항·제3항·제5항).
따라서 구매자가 낸 금액 중 페이오니아 수수료가 정산 과정에서 공제된 것이라면, 구매자의 결제액을 매출로 보고 수수료 공제 후 실제 입금액만 매출로 신고하지 않는 방식이 일반적입니다. 예를 들어 구매대금 100에서 수수료 5를 공제해 95를 받았다면, 판매대금 100과 수수료 5를 구분하는 식입니다. 다만 이 예시는 수수료가 판매자 부담이고, 구매자에게 별도 할인이나 환불을 해 준 것이 아닌 경우를 전제로 합니다.
구매자에게 공급조건으로 할인해 준 금액이라면 페이오니아 수수료와 달리 매출에누리로 볼 여지가 있습니다. 수수료가 실제로 누구에게 청구됐는지, 구매자 결제내역과 페이오니아 정산내역에서 판매대금·수수료가 각각 어떻게 표시되는지 확인해 매출액과 수수료를 구분해 기록해 두세요. 매출세액은 과세표준에 세율을 적용해 계산합니다(부가가치세법 제37조제1항).