창업감면을 받다가 벤처기업 확인이 취소되면 감면은 어떻게 되나요?

벤처기업 확인이 취소되면 창업벤처중소기업 세액감면은 취소일이 속하는 과세연도부터 적용되지 않습니다. 취소 전 과세연도에 적법하게 받은 감면까지 취소 사유만으로 소급해 없애는 것은 아니지만, 취소일이 포함된 연도부터는 감면을 계속 적용할 수 있는지 다시 검토해야 합니다.

「조세특례제한법」 제6조제2항에 따른 감면은 창업 후 3년 이내에 벤처기업 확인을 받은 일정한 중소기업이 대상이며, 해당 사업에서 발생한 소득에 대해 **소득세 또는 법인세의 50%**를 감면하는 제도입니다. 감면기간은 확인 후 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 정해지며, 확인일부터 5년이 되는 과세연도까지 소득이 발생하지 않으면 그 5년째 과세연도부터 시작합니다. 감면기간 중 확인이 취소되면 취소일이 속하는 과세연도부터 감면이 중단됩니다.

예를 들어 과세연도 중간에 확인이 취소되더라도 그 연도 전체에 대한 감면을 계속 적용하는 방식이 아니라, 취소일이 속한 과세연도부터 적용하지 않는 것이 기준입니다. 확인서 유효기간이 끝난 경우도 비슷하게, 해당 과세연도 말 현재 재확인을 받지 못했다면 유효기간 만료일이 속하는 과세연도부터 감면이 중단됩니다.

다만, 벤처감면을 받던 기업이 창업중소기업 감면 요건도 갖춘 경우에는 대체 적용 가능성을 살펴볼 수 있습니다. 국세질의 사례에서는 수도권과밀억제권역 밖에서 창업하고 두 감면 요건을 모두 충족하며 감면 개시연도가 같은 기업이 벤처감면을 선택해 오다가 벤처 확인기간 만료로 이를 적용할 수 없게 된 경우, 남은 감면기간에 창업중소기업 감면을 적용할 수 있다고 본 바 있습니다. 벤처 확인 취소 상황에도 이를 그대로 적용할 수 있는지는 창업 시기·지역·업종 등 요건과 취소 사유에 따라 별도 검토가 필요하므로 자동 전환으로 단정해서는 안 됩니다.

따라서 취소 통지서의 취소일과 해당 과세연도, 그동안 신고한 감면 내역을 확인하시고, 취소일이 속한 연도의 신고부터 벤처감면을 제외해야 하는지 검토하셔야 합니다. 창업중소기업 감면으로 바꿀 수 있는 요건을 갖췄다면 남은 기간에 대한 적용 가능성도 함께 검토하시기 바랍니다.