대표이사가 지배주주인 경우 급여 인상 시 특별히 주의할 점이 있나요?

대표이사가 세법상 지배주주에 해당하면 급여 인상 자체가 금지되지는 않지만, 정당한 사유 없이 같은 직위의 비지배주주 임직원보다 더 많이 지급한 초과액은 법인세 계산에서 비용(손금)으로 인정되지 않을 수 있습니다.

「법인세법 시행령」 제43조제3항은 지배주주등인 임원 또는 직원에게 정당한 사유 없이 같은 직위의 다른 임직원보다 많은 보수를 지급한 경우, 그 차액을 손금에 넣지 못하도록 합니다. 지배주주등은 원칙적으로 발행주식 또는 출자지분의 1% 이상을 보유하고, 특수관계인 보유분까지 합한 지분이 주주 중 가장 많은 주주등을 말합니다.

급여 인상 전에는 다음 사항을 확인해 두시는 것이 좋습니다.

• 비교 대상과 보수 수준: 같은 직위의 다른 임직원이 있다면 급여와 인상률을 비교하고, 대표이사의 업무·책임·성과·근무시간 등 보수 차이를 설명할 자료를 남기세요. 같은 직위의 비교 대상이 없거나 업무가 현저히 다르면 단순한 급여 비교만으로 결론 내기 어렵습니다.
• 인상 사유와 결정 과정: 업무 범위 확대, 실적이나 책임 변화 등 인상 이유와 산정 근거를 기록하고, 회사의 의사결정 절차에 맞춰 승인·의사록 등 관련 자료를 보관하는 것이 안전합니다. 급여가 실제로 지급되었는지와 회계상 처리도 함께 확인하세요.
• 급여와 상여금 구분: 정기적인 급여 인상과 임원 상여금은 적용 기준이 다릅니다. 임원 상여금은 정관·주주총회·사원총회 또는 이사회 결의로 정한 급여지급기준을 초과한 금액이 손금불산입될 수 있으므로, 급여 인상분을 상여금으로 처리하는 경우에는 별도 기준을 확인해야 합니다.

따라서 대표이사 급여가 다른 임직원보다 높다는 사실만으로 곧바로 초과액이 부인되는 것은 아니지만, 차이가 정당한 사유로 설명되지 않으면 그 초과분의 손금 인정에 문제가 생길 수 있습니다. 급여 인상안, 비교 가능한 보수 자료, 업무·성과 자료, 승인 기록을 함께 갖춰 두시고, 실제 적용 전에는 지배주주 해당 여부와 비교 대상의 직위·업무가 적절한지 검토하시는 것이 좋습니다.