공사업체가 임차인 명의로 세금계산서를 발급했다면 매입세액 공제를 신청할 수 있는 중요한 요건은 갖춘 셈이지만, 그것만으로 부가세 환급이 확정되지는 않습니다.
임차인이 공사 용역을 실제로 공급받았고, 시설공사비가 임차인의 과세사업에 사용되며, 세금계산서의 공급받는 자와 필요적 기재사항이 정확해야 합니다. 사업과 직접 관련이 없거나 면세사업에 사용되는 매입세액 등은 공제되지 않을 수 있습니다(부가가치세법 제38조·제39조).
공제 가능한 매입세액은 공사 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제합니다. 그 과세기간의 매입세액이 매출세액보다 많으면 초과액이 환급세액이 될 수 있지만, 매입 부가세 전액이 항상 현금으로 환급되는 것은 아닙니다.
따라서 세금계산서가 임차인 명의라는 점뿐 아니라 공사계약서상 발주자·공급받는 자, 공사비 지급 자료, 시설의 실제 사업 사용 내역을 함께 확인하셔야 합니다. 임차인이 공사를 실제 공급받은 당사자가 아니거나 시설이 과세사업에 사용되지 않는다면 공제가 부인될 수 있습니다.