임차인이 시설 공사비를 부담한 경우, 임대인이나 임차인 중 누가 부가세 환급을 받을 수 있나요?

임차인이 시설 공사비를 부담했더라도 임차인 명의의 적격 세금계산서를 받고, 공사가 임차인의 과세사업에 사용되는 등 요건을 갖추면 매입 부가가치세를 공제받을 수 있습니다. 다만 공사비를 부담했다는 사실만으로 환급이 확정되는 것은 아닙니다.

부가가치세법 제38조에 따라 사업자가 자기의 과세사업을 위해 공급받은 공사 용역의 매입세액은 공제 대상이 될 수 있습니다. 반면 세금계산서를 받지 않았거나 필요적 기재사항이 누락·오류인 경우, 사업과 직접 관련이 없거나 면세사업에 사용하는 경우 등은 공제가 제한될 수 있습니다(부가가치세법 제39조).

실무에서는 다음을 확인하셔야 합니다.

• 세금계산서의 공급받는 자: 공사업자가 실제로 공사를 공급받은 임차인에게 세금계산서를 발급했는지 확인합니다. 임대인 명의로 발급된 세금계산서를 임차인이 자기 매입세액으로 공제하기는 어렵습니다.
• 사업 사용 여부: 공사 시설이 임차인의 과세사업에 사용되어야 합니다. 면세사업이나 사업과 무관한 사용에 해당하면 공제가 제한될 수 있습니다.
• 공사 후 시설의 소유·귀속: 임차인이 자기 책임과 비용으로 증축·개수한 시설을 임대인에게 넘기거나 임대인 소유로 귀속시키는 구조라면, 임차인의 공사비 매입세액 공제와 별도로 임차인이 임대인에게 시설을 공급한 것으로 보아 매출세금계산서 발급이 필요한지 검토해야 합니다. 이 경우 매입세액 공제와 매출세액 신고가 함께 발생할 수 있습니다.

공제 가능한 매입세액이 해당 과세기간의 매출세액보다 많으면 그 초과액은 환급세액이 될 수 있습니다. 따라서 ‘환급받는다’는 것은 공사비 부가세 전액이 자동으로 돌아온다는 뜻이 아니라, 공제 요건을 충족한 매입세액을 신고한 뒤 매출세액과 정산한 결과입니다.

공사계약서의 발주자·공급받는 자, 세금계산서 명의, 임대차계약서의 비용부담 및 시설 귀속 조항, 실제 사업 사용 내역을 서로 대조해 처리하시는 것이 좋습니다.