피합병법인의 폐업사실을 신고하라는 뜻이 반드시 서류를 홈택스에 업로드하라는 뜻은 아닙니다. 합병 후 존속법인(신설합병이면 신설법인)이 법인합병신고서와 피합병법인의 사업자등록증을 첨부해 피합병법인 관할 세무서장에게 제출하는 절차입니다.
제출은 관할 세무서에 서류를 내는 방식으로 할 수 있고, 전자 제출을 이용하려면 해당 합병신고서와 첨부서류를 전자적으로 제출할 수 있는 절차가 제공되는지 확인하셔야 합니다. 일반적인 폐업신고가 온라인으로 가능하다는 사실만으로, 법인합병신고서도 홈택스에 일반 폐업신고처럼 업로드하면 된다고 단정하기는 어렵습니다.
따라서 홈택스에서 법인합병신고서 제출 메뉴와 첨부 방법이 확인되면 전자 제출을 이용하고, 확인되지 않으면 법인합병신고서 및 사업자등록증을 피합병법인 관할 세무서에 제출하시면 됩니다. 서류에는 합병 후 존속·신설법인과 소멸법인의 인적사항, 합병연월일 등을 적습니다.
참고로 부가가치세 확정신고서에 폐업연월일과 사유를 적고 사업자등록증을 첨부해 제출하면 일반적인 폐업신고를 한 것으로 보는 규정도 있지만, 법인 합병에 따른 폐업은 법인합병신고서 제출 절차가 별도로 규정되어 있으므로 이를 같은 절차로 혼동하지 않는 것이 좋습니다.