법인합병신고서는 소멸법인의 관할 세무서장에게 제출해야 하지만, 제시된 규정만으로는 홈택스 제출이 가능하다고 단정하기 어렵습니다.
「부가가치세법 시행령」 제13조제4항은 합병 후 존속하는 법인(신설합병이면 신설법인) 또는 소멸법인이 법인합병신고서와 소멸법인의 사업자등록증을 소멸법인 관할 세무서장에게 신고하도록 정하고 있습니다. 다만 이 조항에는 전자신고나 국세정보통신망 제출이 가능하다는 문구가 별도로 없습니다. 시행규칙은 이때 사용할 서식이 별지 제10호서식이라고 정합니다.
따라서 홈택스에 해당 신고 메뉴가 확인되지 않는다면, 서식과 사업자등록증을 갖춰 관할 세무서에 직접 내거나 우편으로 제출하는 방법이 안전합니다. 홈택스에서 제출하려면 법인합병신고서를 제출할 수 있는 전용 메뉴가 실제로 제공되는지 먼저 확인하시고, 단순한 휴·폐업 신고 메뉴에 합병 신고를 대신 제출하지는 마세요.
법인세 신고 때 제출하는 합병 관련 재무제표·승계 자산 및 부채 명세서와는 별개의 신고 절차입니다. 합병으로 소멸하는 법인은 법인합병신고 외에도 해당 사업연도 법인세 신고를 따로 검토해야 합니다.