고용노동부 사업주 훈련과정 등 환급교육과정에서 사업주가 세금계산서를 발행받고 수료 후 공단에서 환급받는 금액에 대해 마이너스 수정 세금계산서를 발행해야 하나요?

사업주가 교육기관으로부터 교육비 세금계산서를 받은 뒤, 수료 후 공단 등으로부터 훈련비 지원금을 환급받는 것만으로는 마이너스 수정세금계산서를 발급할 사유가 되지 않습니다. 환급금은 교육기관이 교육비를 돌려주는 것이 아니라 지원기관이 사업주에게 지급하는 금액이므로, 교육기관의 공급가액이 그 자체로 줄어드는 것은 아닙니다.

부가가치세법 제32조제7항과 같은 법 시행령 제70조에 따르면 수정세금계산서는 재화의 환입, 계약 해제, 공급가액 증감, 기재사항 오류 등 정해진 사유가 있을 때 발급합니다. 사업주가 지원금을 받았다는 사실만으로는 이 사유에 해당하지 않습니다. 따라서 교육기관이 교육비 전액을 세금계산서로 발급했고 사업주가 이를 지급한 뒤, 지원기관이 사업주에게 지원금을 지급하는 일반적인 구조라면 당초 세금계산서를 그대로 두시면 됩니다.

다만 실제 거래가 달라지는 경우는 구분해야 합니다.

• 교육기관이 교육비 일부를 사업주에게 직접 반환하거나, 계약상 교육비가 감액된 경우에는 공급가액 변동 등 수정 사유에 해당하는지 검토해야 합니다.
• 교육기관이 세금계산서를 잘못 발급했거나 교육이 취소되어 공급되지 않은 경우에도 그 사유에 맞춰 수정세금계산서를 발급할 수 있습니다.
• 지원금이 교육기관에 지급되는 구조라면, 그 돈이 교육기관의 용역 대가인지 별도의 지원금인지에 따라 세금계산서 처리 판단이 달라질 수 있습니다. 사업주에게 지급되는 지원금과는 구분해서 보셔야 합니다.

따라서 공단 등이 사업주에게 환급금을 지급했을 뿐이고 교육기관이 사업주에게 교육비를 돌려주거나 감액하지 않았다면, 마이너스 수정세금계산서를 발급하지 않는 것이 일반적인 처리입니다. 계약서·교육비 청구서·실제 입금 내역에서 교육기관이 부담한 금액을 사업주에게 반환했는지 확인해 보시면 됩니다.