일반 중소기업에서 한국산업기술진흥협회에 등록되지 않고 연구소도 없는 상태에서 연구원 직책으로 상품 개발 업무를 수행할 경우 연구개발 세액공제 대상이 되나요?

말씀하신 것처럼 인정받은 기업부설연구소나 연구개발전담부서가 없고 사내에서만 ‘연구원’ 직책을 둔 상태라면, 실제 상품 개발 업무를 하더라도 그 직원의 인건비를 자체 연구개발비 세액공제 대상으로 보기는 어렵습니다.

연구·인력개발비 세액공제는 연구를 실제로 했는지만 보는 제도가 아닙니다. 자체 연구개발 인건비는 법령상 정해진 연구소·전담부서 등에서 근무하는 직원의 비용이어야 하며, 사내 직책이나 업무명만으로 그 요건을 대신할 수 없습니다. 인정받은 연구소·전담부서 없이 수행한 업무의 인건비는 공제 대상에서 제외될 가능성이 큽니다.

여기서 말하는 등록은 단순히 협회 명단에 직원 이름을 올리는 것과는 다릅니다. 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서가 관련 법령에 따라 인정·신고된 상태인지가 중요하고, 해당 직원도 그 조직에 소속되어 실제 연구개발 과제를 수행하거나 보조해야 합니다. 연구소가 서류상으로만 존재하거나, 연구원이 개발 외 업무를 함께 맡는 경우에도 비용 인정이 문제될 수 있습니다.

따라서 현재 상황에서는 다음을 구분해 보시는 것이 좋습니다.

• 연구원 인건비: 연구소·전담부서 요건을 갖추지 않았다면 공제 대상이라고 보기 어렵습니다.
• 상품 개발 관련 다른 비용: 비용의 종류와 실제 사용처에 따라 별도로 판단해야 하며, 상품 개발에 썼다는 이유만으로 모두 공제되는 것은 아닙니다. 공제 대상 비용은 법령에서 정한 범위에 들어야 합니다.
• 향후 발생할 비용: 먼저 연구소 또는 전담부서의 인정·신고 요건을 갖추고, 구성원·업무분장·연구기록을 실제 운영과 일치하게 관리해야 합니다. 나중에 조직을 갖추더라도 그 전에 지출한 비용까지 자동으로 공제되는 것은 아닙니다.

연구개발 세액공제는 신청 요건과 비용 분류가 중요하므로, 이미 공제 신고를 했다면 인건비·개발비를 구분해 근거 자료와 실제 업무 내용을 함께 점검할 필요가 있습니다. 관련 분쟁에서는 실제 연구조직의 존재와 연구전담 여부를 자료로 입증하는 것이 중요하게 다뤄졌습니다.