한 사람이 사업자단위과세가 아닌 상태에서 3개의 사업장을 각각 10억 미만 매출로 운영할 때, 각 사업장별로 신용카드발행세액공제 한도 1,000만원이 각각 적용되는지 궁금합니다.

아닙니다. 한 개인이 여러 사업장을 운영하더라도 신용카드 발행세액공제는 사업장별로 각각 적용되지 않고, 모든 사업장의 공급가액을 합산하여 판단합니다. 따라서 각 사업장의 매출이 10억 원 미만이라 할지라도, 전체 사업장의 공급가액 합계액이 10억 원을 초과하면 신용카드 발행세액공제 대상에서 제외됩니다.