거래처가 발행한 세금계산서가 홈택스에서 조회되지 않는 경우 어떻게 해야 하나요?

거래처가 전자세금계산서를 발급했는데 홈택스에서 조회되지 않는다면, 우선 거래처가 국세청에 전송했는지 확인하고 종이 세금계산서인지 전자세금계산서인지 구분하셔야 합니다.

전자세금계산서는 발급만으로 홈택스에 바로 나타나는 것이 아니라, 발급 방식에 따라 국세청 전송이 필요할 수 있습니다. 홈택스에서 발급한 전자세금계산서는 별도 전송 없이 조회되지만, 홈택스 외의 시스템에서 발급했다면 거래처가 국세청에 전송해야 조회될 수 있습니다. 따라서 거래처에 발급일·승인번호와 국세청 전송 여부를 확인해 달라고 요청하세요.

확인 후에는 다음 순서로 처리하시면 됩니다.

1. 종이 세금계산서인지 확인합니다. 종이로 적법하게 발급된 세금계산서는 홈택스에서 전자세금계산서처럼 조회되지 않을 수 있습니다. 원본을 받아 보관하고, 거래처·공급가액·부가가치세액·작성일자 등 필수 기재사항과 실제 거래가 일치하는지 확인하세요.
2. 전자세금계산서라면 발급·전송 여부를 확인합니다. 거래처가 발급했지만 전송하지 않았거나 전송 오류가 있다면, 거래처가 전송 또는 오류 정정을 해야 합니다. 매입자는 거래처에 재발급을 요구하기보다 먼저 기존 발급 내역과 전송 상태를 확인하는 편이 좋습니다.
3. 발급 사실과 거래 증빙을 보관합니다. 계약서, 거래명세서, 대금 지급내역 등 실제 거래를 확인할 수 있는 자료를 함께 보관하세요. 세금계산서를 받지 못한 상태만으로 매입세액을 공제받을 수 있는 것은 아니며, 사업에 사용한 매입이고 공제 요건을 갖춰야 합니다.

세금계산서를 실제로 발급받지 못했다면, 요건을 갖춘 사업자는 매입자발행세금계산서 절차를 검토할 수 있습니다. 공급자가 세금계산서 발급 의무가 있는데도 발급하지 않은 경우 등에는 거래사실을 객관적으로 입증할 자료를 갖춰 관할 세무서장에게 확인을 신청하는 방식입니다. 신청기한은 원칙적으로 공급시기가 속한 과세기간 종료일부터 1년 이내이며, 확인을 받은 뒤 신고 또는 경정청구 때 매입자발행세금계산서합계표를 제출해야 공제 절차로 이어집니다.

공급자가 전자세금계산서 의무발급 대상인데 종이로 발급한 경우에도, 거래사실이 확인되면 매입세액 공제가 가능할 수 있습니다. 다만 공급자에게는 종이 발급에 따른 가산세가 발생할 수 있고, 매입자 공제 여부는 사업 관련성·필수 기재사항·신고자료 등 요건을 따져야 합니다. 조회가 안 된다는 이유만으로 거래를 누락하거나 같은 거래를 중복 처리하지 말고, 발급 형태와 국세청 전송 여부를 먼저 맞춰 보세요.