전통주라는 이유만으로 부가가치세가 면제되지는 않으며, 일반적으로 판매할 때 부가가치세가 과세됩니다.
부가가치세법 제26조는 면세되는 재화·용역을 열거하고 있지만, 전통주 자체를 면세 대상으로 정하고 있지는 않습니다. 따라서 전통주 제조자가 제품을 판매하는 거래는 다른 별도 면세 사유가 없는 한 과세거래로 봅니다. 면세 여부는 술의 전통주 지정만으로 판단하지 않고, 실제 공급 내용과 거래 요건을 함께 살펴야 합니다.
헷갈리기 쉬운 점은 전통주에 관한 소득세 비과세나 주세 경감이 부가가치세 면제를 뜻하지 않는다는 것입니다. 예를 들어 일정 요건을 갖춘 전통주 제조소득의 비과세는 소득세에 관한 별도 규정이고, 주세 경감도 주세에 관한 제도입니다. 판매 단계의 부가가치세는 이와 별도로 판단합니다.
따라서 전통주 판매 시에는 거래가 면세에 해당하는 별도 사유가 있는지 확인하고, 해당하지 않으면 과세거래로 처리하셔야 합니다. 구체적인 거래 형태나 공급 시기에 따라 적용이 달라질 수 있으므로, 특히 별도 면세 규정을 주장하는 경우에는 그 요건을 따로 확인해야 합니다.