소득공제 합계가 종합소득금액을 넘으면, 관련 공제 전체를 비례해서 줄이는 것이 아니라 연금보험료공제를 초과액만큼 받지 않은 것으로 처리하는 규정이 있습니다. 따라서 연금보험료공제가 우선 줄어드는 구조입니다.
「소득세법」 제51조의3제3항은 인적공제, 연금보험료공제, 주택담보노후연금 이자비용공제, 특별소득공제 및 조세특례제한법상 소득공제를 합한 금액이 종합소득금액을 초과하면, 그 초과액을 한도로 연금보험료공제를 받지 않은 것으로 본다고 정합니다. 예를 들어 이 공제들의 합계가 종합소득금액보다 100만원 많다면, 연금보험료공제액에서 최대 100만원을 제외하는 방식입니다.
다만 인적공제에도 별도의 제한이 있습니다. 「소득세법」 제51조제4항에 따라 인적공제 합계액 자체가 종합소득금액을 넘는 부분은 공제하지 않습니다. 따라서 인적공제만으로 종합소득금액을 초과하는 경우에는 그 초과분도 인정되지 않습니다.
정리하면, 인적공제는 그 자체의 초과분이 제한되고, 여러 소득공제의 합계가 종합소득금액을 넘는 경우에는 법에서 정한 범위에서 연금보험료공제를 줄입니다. 다만 연금보험료공제액을 모두 제외해도 초과액이 남는 경우의 추가 조정 순서는 제시된 규정만으로 일률적으로 단정하기 어렵습니다.