세금계산서 발급 여부와 부가가치세율은 해외 비영리법인이라는 사실만으로 정해지지 않고, 상품이 실제로 국외로 반출되는지에 따라 달라집니다.
상품을 국외로 보내는 수출 거래라면: 수출에 해당하는 경우 영세율(부가가치세율 0%)을 적용하고, 일반적으로 세금계산서는 발급하지 않습니다. 대신 부가가치세 신고 때 수출실적명세서를 제출해야 합니다. 소포우편으로 수출했다면 해당 소포수령증이 제출서류가 됩니다. 영세율 서류를 신고서에 붙이지 않으면 그 부분은 신고한 것으로 보지 않을 수 있으므로, 수출신고·선적 자료와 신고서류를 갖추어 신고하셔야 합니다.
상품을 국내에서 해외 비영리법인에 넘기는 거래라면: 국내 공급이라는 이유만으로 수출 영세율이 적용되지는 않습니다. 다만 공급받는 자가 국내사업장이 없는 외국법인이고, 세금계산서 발급을 요구하지 않는 거래라면 시행령상 세금계산서 발급의무가 면제될 수 있습니다. 이는 세금계산서를 생략할 수 있다는 뜻이지, 그 거래가 자동으로 영세율이 된다는 뜻은 아닙니다. 영세율 요건에 해당하지 않으면 통상 과세 여부와 세액을 별도로 판단해야 합니다.
예외: 국내사업장이 없는 외국법인이 외국의 개인사업자 또는 법인사업자임을 증명하는 서류를 제시하고 세금계산서를 요구하면 발급해야 합니다. 외국법인 연락사무소에 공급하는 경우도 발급의무 면제 예외입니다. 비영리법인이라는 명칭만으로 ‘외국 사업자 증명’ 요건을 충족한다고 단정하기는 어렵습니다.
따라서 먼저 계약상 인도 장소와 실제 반출 여부를 확인해 거래를 구분하셔야 합니다. 수출이라면 영세율 증빙을 갖춰 부가가치세 예정·확정신고 때 제출하고, 국내 인도라면 거래 상대방의 국내사업장 여부, 세금계산서 발급 요구 및 증빙을 확인해 발급 여부와 과세 처리를 판단하시면 됩니다. 관련 규정은 부가가치세법 제21조·제56조 및 부가가치세법 시행령 제71조·제101조입니다.