부킹닷컴 수수료에 한국 부가가치세가 실제로 부과·납부되지 않았다면, 수수료 금액 자체를 한국 부가가치세 매입세액으로 공제받을 수는 없습니다. 다만 숙박업 등 과세사업에 사용한 용역이고 부킹닷컴이 한국 부가가치세를 적법하게 청구했거나, 거래 구조상 사업자가 대리납부한 부가가치세가 있다면 공제 가능성을 검토할 수 있습니다.
부가가치세법 제38조는 사업에 사용하기 위해 공급받은 재화·용역의 부가가치세액을 매입세액으로 공제하도록 합니다. 따라서 부킹닷컴에 지급한 수수료 전액이 자동으로 공제되는 것은 아니며, 수수료에 포함되거나 별도로 표시된 금액이 한국 부가가치세인지, 적격 증빙으로 확인되는지가 중요합니다. 외국 사업자가 발행한 수수료 청구서에 외국 세금만 표시되어 있거나 한국 부가가치세가 표시되어 있지 않다면, 그 외국 세금은 한국 부가가치세 신고에서 매입세액으로 공제하는 금액이 아닙니다.
국외사업자에게 받은 용역은 원칙적으로 대리납부 규정도 검토하지만, 그 용역을 과세사업에 사용하는 경우에는 통상 대리납부 대상에서 제외됩니다. 다만 면세사업에 쓰거나, 과세·면세사업에 함께 쓰면서 매입세액이 공제되지 않는 부분이 있으면 처리가 달라질 수 있습니다. 부킹닷컴 수수료가 실제로 어떤 용역의 대가인지와 계약·정산 구조도 확인해야 합니다.
실무적으로는 정산서나 인보이스에서 한국 부가가치세가 별도로 표시되어 있는지, 발급자가 국내 사업자인지, 해당 수수료가 과세 숙박업에 직접 관련된 비용인지 확인하시고, 세금계산서 등 공제에 필요한 증빙과 함께 신고 자료로 보관하시기 바랍니다. 부가가치세법 제39조에 따라 세금계산서 미수취·필요적 기재사항 오류, 사업과 직접 관련 없는 지출, 면세사업 관련 지출 등은 공제되지 않을 수 있습니다. 제공된 정보만으로는 부킹닷컴의 개별 계약·청구 방식까지 확인할 수 없어, 해당 거래의 최종 공제 여부는 증빙에 따라 달라질 수 있습니다.