국가전략기술 연구개발비 세액공제액이 추징되는 주요 원인은 부당한 세액공제 신청 때문입니다. 국세청은 연구·인력개발비 세액공제 신청 기업을 정기적으로 점검하며, 특히 과도한 세액공제를 신청한 기업은 세무조사 대상으로 선정될 가능성이 높습니다. 추징되는 대표적인 경우는 다음과 같습니다.
연구원 인건비 과다 계상: 연구와 무관한 업무를 겸직하는 인원의 인건비를 연구개발비로 공제하거나, 비연구 인력을 연구원으로 신고하는 경우 추징 대상이 됩니다.
연구개발과 무관한 비용 공제: 연구개발과 직접적인 관련이 없는 비용을 연구개발비로 포함하여 공제받는 경우 추징됩니다.
국고보조금 중복 공제: 국가로부터 받은 국고보조금으로 지출한 연구개발비를 세액공제 대상에 포함하여 중복으로 공제받는 경우 추징됩니다. 조세특례제한법 시행령 제9조 제1항에 따라 국고보조금으로 지출된 연구개발비는 세액공제 대상에서 제외됩니다.
수탁 연구개발비 공제: 의뢰 기관으로부터 비용을 받아 수행하는 수탁 연구개발 관련 비용을 자체 연구개발비와 구분하지 않고 공제받는 경우 추징됩니다. 수탁 연구개발비는 세액공제 대상이 아닙니다.
허위 연구개발 활동: 실제 연구개발 활동 없이 타인의 논문을 도용하거나 자료를 조작하여 연구개발 활동을 가장하는 경우 추징됩니다.
일반 직원의 허위 연구원 등록: 기획, 홍보, 교육 운영 등 관리 및 지원 업무를 수행하는 일반 직원을 연구원으로 허위 등록하여 인건비를 공제받는 경우 추징됩니다.
잘못된 공제율 적용: 일반 연구개발을 신성장·원천기술 연구개발로 잘못 분류하여 더 높은 공제율을 적용받는 경우 추징됩니다.
인정받지 않은 연구소의 비용 공제: 연구소로 인정받지 않은 기업이 연구원 인건비 등을 공제받는 경우 추징됩니다.