프리랜서 개발자가 3.3% 원천징수 방식과 세금계산서 발행 개인사업자 방식 중 어떤 것이 경비 처리 인정에 더 유리한지는 소득세, 부가가치세, 세금 정산 및 환급, 그리고 기타 혜택 등을 종합적으로 고려해야 합니다.
소득세: 두 방식 모두 사업소득으로 분류되어 매출액에서 매입액을 차감한 순이익에 세금이 과세됩니다. 3.3% 원천징수 방식은 미리 세금을 납부하는 예납의 성격이 강하며, 세금계산서 발행 방식은 대금 수령 시 공제되는 세금이 없습니다.
부가가치세: 3.3% 원천징수 방식은 별도의 사업자등록이 없어 부가가치세 신고 납부 의무가 없습니다. 반면, 세금계산서 발행 방식은 사업자등록을 해야 하며, 매출액의 10%를 부가가치세로 징수하고 매입 시 지급한 부가가치세를 차감하여 신고 및 납부해야 합니다.
세금 정산 및 환급: 3.3% 원천징수 방식은 5월 종합소득세 신고 시 원천징수된 세금을 기납부세액으로 공제하여 추가 납부 또는 환급이 결정됩니다. 세금계산서 발행 방식은 종합소득세 신고 시 공제되는 세금이 없으므로 계산된 세액을 납부합니다.
기타 혜택: 세금계산서 발행 사업자는 부가가치세 과세표준 증명이 발급되어 소득 증빙이 명확해 대출 등에서 유리할 수 있으며, 받을 수 있는 세액공제·감면 혜택이 더 많을 수 있습니다.