보세구역 내 재화 공급 시 세관장이 발급한 수입세금계산서에 기재된 공급가액을 제외한 금액의 세금계산서 발행 방법을 예시로 설명해줄 수 있나요?

    2025. 8. 7.

    보세구역 내에서 재화를 다른 사업자에게 공급하고, 해당 재화를 공급받은 사업자가 보세구역으로부터 재화를 반입하는 경우, 재화를 공급한 사업자의 공급가액은 세관장이 부가가치세를 징수하고 발급한 수입세금계산서에 기재된 공급가액을 제외한 금액으로 합니다. 이는 세관장이 이미 해당 재화에 대한 부가가치세를 징수했기 때문에 이중 과세를 방지하기 위함입니다.

    예시:

    1. 상황: A 사업자가 보세구역에 보관된 재화 X를 B 사업자에게 천만 원에 공급합니다. B 사업자는 이 재화 X를 보세구역으로부터 반입합니다.
    2. 세관장의 역할: 세관장은 재화 X의 수입 시 부가가치세 백만 원(천만 원의 10%)을 징수하고, B 사업자에게 천만 원이 기재된 수입세금계산서를 발급합니다.
    3. A 사업자의 공급가액 산정: A 사업자는 B 사업자에게 재화 X를 천만 원에 공급했지만, 세관장이 이미 천만 원에 대한 부가가치세를 징수했으므로, A 사업자가 B 사업자에게 발급하는 세금계산서의 공급가액은 '천만 원 - 천만 원 = 영 원'이 됩니다. 즉, A 사업자는 B 사업자에게 별도의 세금계산서를 발급하지 않거나, 공급가액을 영 원으로 기재하여 발급할 수 있습니다.

    다만, 세관장이 부가가치세를 징수하기 전에 해당 재화에 대한 선하증권이 양도되는 경우에는 선하증권의 양수인으로부터 받은 대가를 공급가액으로 할 수 있습니다.

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