기업부설연구소 자격이 취소되면, 기존에 감면받은 취득세·재산세는 모두 추징됩니다. 120평(≈397㎡) 규모라면, 중소기업 기준 재산세 50%·취득세 60% 감면액이 전액 복원되고, 신성장동력·원천기술 분야라면 추가 15% 감면(재산세 65%, 취득세 75%)도 회수됩니다. 또한 연구개발비 세액공제·설비투자 세액공제 등 기타 세제 혜택도 소멸합니다. 추징은(1) 취득 후 1년(신축·증축·대수선은 2년) 이내에 연구소로 인정받지 못한 경우, (2) 인정 후 3년 이내에 신성장동력·원천기술 심의 결과를 받지 못한 경우, (3) 설립·인정 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 폐쇄·다른 용도로 전환한 경우에 적용됩니다.