1/25에 발행된 매입세금계산서를 2/11에 발견하고, 수정세금계산서 대신 2/1에 차감 세금계산서와 2/25에 추가 세금계산서를 발행한 경우 가산세가 부과되나요?

네, 가산세가 부과됩니다. 1월 25일에 공급된 재화·용역에 대해 세금계산서를 제때 발행하지 않고 2월 11일에 발견한 뒤, 2월 1일에 차감세금계산서와 2월 25일에 추가세금계산서를 별도로 발행한 경우는 ‘공급시기가 지난 후 세금계산서를 발급한 경우’에 해당합니다. 이 경우 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제1호에 따라 공급가액의 1 %가 가산세로 부과됩니다(전자세금계산서 등 다른 형태로 발급했더라도 발급 시기가 공급시기 이후이므로 2 %가 아닌 1 %가 적용됩니다). 따라서 차감·추가 세금계산서를 발행했더라도 원래 세금계산서를 제때 발행하지 않은 부분에 대해 1 % 가산세를 납부해야 합니다.