베이커리 카페는 일반적으로 일반과세자에 해당해 매출에 10%의 부가가치세가 적용됩니다. 다만 연 매출이 2025년 기준 1억 4천만원 미만이면 간이과세자로 전환할 수 있으며, 이 경우 업종별로 1.5%~4%의 낮은 세율이 적용됩니다(음식점·제과·제빵업은 1.5% 적용). 따라서 매출 규모에 따라 일반과세(10%) 또는 간이과세(1.5% 등) 중 하나를 선택하게 됩니다.