주사업장 총괄납부를 하는 식품 제조 공장이 직영점에 판매할 경우, 공제율은 사업자등록증상의 업종코드에만 따라야 하나요?

주사업장 총괄납부를 이용한다고 해서 공제율이 사업자등록증상의 업종코드만으로 결정되는 것은 아닙니다. 공제율은 해당 매입이 어떤 과세표준(과세·면세·영세)과 연결되는지에 따라 정해지며, 식품 제조업이 직영점에 판매하는 경우는 일반적으로 과세 매출에 해당하므로 매입세액 전액(10%)을 공제받을 수 있습니다.

• 부가가치세법 제31조·제32조는 매입세액 공제대상과 공제율을 매출의 과세 여부에 따라 규정하고 있습니다.
• 주사업장 총괄납부제도는 납부·환급을 한 곳에서 처리하도록 할 뿐, 매입세액 공제율 자체를 변경하지 않습니다(‘taxone’·‘mybiz’ 자료).