프로그램 개발비에 포함된 부가세는 매입세액으로 전액 공제받을 수 있습니다. 영리사업자는 부가세를 공제받은 뒤 공급가액만을 연구개발비로 인정받으며, 부가세를 연구개발비에 포함하려면 ‘공제받지 못할 매입세액’으로 신고해야 합니다(부가가치세법 제17조). 비영리기관은 부가세 환급 대상이 아니므로 부가세 포함 전체 금액을 연구개발비로 인정받습니다.