FOB 금액으로 세금처리하면 운임이 공제돼 부가세 환급에 문제가 없나요?

수출 거래에서는 공급가액을 FOB 금액으로 계산하고, 그 금액에 대해 영세율(0% 부가세)을 적용합니다. 하지만 운임(해외 물류비·운송비)은 수출 물품 자체의 공급가액에 포함되지 않는 별도의 서비스로 보아, 부가가치세법상 매입세액 공제 대상이 되지 않습니다. 즉, FOB 금액만을 과세표준으로 삼아 세금계산서를 발행하고, 운임에 대해서는 매입세액을 공제받지 않으면 부가세 환급에 문제가 없습니다. 운임을 매입세액 공제 대상으로 잘못 처리하면 ‘매입세액 공제 대상이 아님’이라는 이유로 환급이 거부될 수 있으니, 운임은 별도 처리하거나 영세율 적용이 불가능한 비용으로 인식하시기 바랍니다.

근거:

• 부가가치세법 제31조(과세표준) · 제33조(영세율 적용) – 수출 물품은 영세율 적용 대상이며, 공급가액은 FOB 금액으로 한정됩니다.
• 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 – 매입세액 공제는 과세재화·용역에 한정되고, 영세율 적용 재화·용역에 대한 매입세액은 공제되지 않습니다.
• 제공된 블로그 자료(‘수출 부가세 환급 계산 방법과 설명’)에 따르면, 해외 물류비·운송비는 영세율 적용이 되지만 매입세액 공제 대상이 아니라고 명시하고 있습니다.