법인세 신고 시 연구개발비가 최저한세 적용배제 대상이면 최저한세 적용대상을 반영하지 않고 전액 연구개발비로 처리해도 되는가?

연구개발비가 조세특례제한법 제132조에 따라 최저한세 적용배제 대상으로 지정된 경우, 해당 연구개발비 세액공제는 최저한세를 고려하지 않고 전액을 공제할 수 있습니다. 다만, 이월된 연구개발비 세액공제 중 최저한세 적용대상이 있는 부분은 먼저 최저한세 범위 내에서 차감하고, 이후에 최저한세 적용배제 대상인 당기 연구개발비를 전액 공제하는 순서를 따라야 합니다.

근거

• 조세특례제한법 제132조(최저한세): 최저한세 적용배제 대상인 경우, 해당 항목에 대해서는 최저한세를 적용하지 않음.
• 조세특례제한법 제10조(연구 및 인력개발비 세액공제): 연구개발비에 대한 세액공제 방법을 규정하고, 최저한세 적용배제 대상인 경우 전액 공제가 가능함.
• 조세특례제한법 제144조(세액공제액의 이월공제): 이월된 공제액은 먼저 최저한세 적용대상 범위 내에서 차감하고, 남은 금액은 다음 연도에 적용.
• 판례 국심‑2005‑중‑2895: 최저한세 적용배제 대상 연구개발비는 최저한세를 고려하지 않고 전액 공제할 수 있음을 확인.

실무 적용 팁

1. 연도별 연구개발비 세액공제액이 최저한세 적용배제 대상인지 여부를 사전에 확인한다.
2. 이월된 연구개발비 공제액이 있다면, 먼저 최저한세 적용대상 범위 내에서 차감한다(조세특례제한법 제144조).
3. 이후 당기 연구개발비가 최저한세 적용배제 대상이면 전액을 공제한다.
4. 세액공제 신청 시, 해당 항목이 최저한세 적용배제 대상임을 증명할 수 있는 서류(예: 연구개발비 내역서, 관련 인증서 등)를 첨부한다.