법인세 신고 시 최저한세 적용 배제 대상인 연구개발비가 전액 세액감면 가능할 경우, 중소기업특별감면이나 고용세액공제 등을 반영하지 않고 모두 연구개발비로만 처리해도 되는가?

연구·인력개발비 세액공제가 최저한세 적용 배제 대상이고, 해당 금액이 전액 세액감면(공제) 가능한 경우에는 별도의 중소기업특별감면·고용세액공제 등을 적용하지 않아도 됩니다. 다만, 다음 사항을 확인해야 합니다.

• 연구·인력개발비 세액공제는 조세특례제한법 제10조에 따라 전액을 세액공제(또는 감면)받을 수 있으며, 2004‑01‑01 이후 개시되는 과세연도부터는 최저한세 적용이 배제됩니다(조세특례제한법 제132조).
• 법인세법 제59조는 세액감면·공제의 적용 순서를 규정하고 있는데, 별도의 규정이 없는 한 연구·인력개발비 세액공제를 먼저 적용하고, 남은 세액에 대해 중소기업특별감면·고용세액공제 등을 추가로 적용할 수 있습니다. 따라서 연구·인력개발비만으로 전액을 공제하고, 다른 감면·공제를 포기하는 선택은 허용됩니다.
• 다만, 최종 납부세액이 음수가 되지 않도록(즉, 세액공제·감면 후에도 최소한의 세액이 남아야 함) 확인해야 하며, 이 경우에는 최저한세 적용 배제 대상이므로 최저한세 자체도 적용되지 않습니다.
• 세액공제·감면을 포기하고 연구·인력개발비만 적용할 경우, 추후에 다른 감면·공제를 다시 청구하거나 수정신고를 할 수 없으니, 실제 세액 절감 효과를 충분히 검토한 뒤 결정하시기 바랍니다.