수입통관 전에 선하증권을 양도할 경우 세금계산서를 발행하는 다른 방법은 무엇인가요?

수입통관 전에 선하증권을 양도할 경우, 세금계산서는 선하증권 양도 대가를 공급가액으로 하여 발행합니다.

• 부가가치세법 시행령 제61조 제5호는 ‘보세구역 내에 보관된 재화를 다른 사업자에게 공급하고, 그 재화를 공급받은 자가 보세구역으로부터 반입하는 경우, 세관이 발행한 수입세금계산서에 적힌 공급가액을 제외한 금액을 공급가액으로 할 수 있다’고 규정하고 있습니다.
• 따라서 선하증권이 양도된 시점에 사업자는 양도 대가(예: 선하증권 매매가격)를 기준으로 세금계산서를 발행하고, 이후 수입통관 시 세관이 발행한 수입세금계산서에 포함된 금액은 과세표준에서 차감합니다(부가가치세법 시행령 제48조 제8항).
• 특수한 경우: 선하증권 양도 대가와 세관이 징수한 부가가치세를 포함한 수입세금계산서의 공급가액이 동일하거나, 차감 후 잔액이 0인 경우에는 세금계산서 발행 의무가 없습니다(부가가치세법 제16조 제1항).
• 대안: 선하증권 양도 대가가 아닌 실제 수입재화의 공급가액을 기준으로 세금계산서를 발행하고, 수입세금계산서에 포함된 금액을 별도로 조정(공제)하는 방식도 허용됩니다. 이는 부가가치세법 제29조(과세표준)와 시행령 제61조(공급가액 계산)에서 규정된 ‘대가를 기준으로 한 공급가액 산정’에 근거합니다.