수정신고 시 과다납부세액을 차감하는 기준은 다음과 같습니다.
과거 연도 매출을 과대 계상하여 수정신고를 하는 경우, 과다 납부한 세액은 먼저 해당 사업연도의 법인세·지방소득세에서 20% 한도 내에서 차감됩니다. 만약 차감 후에도 남은 금액이 있다면, 이후 사업연도로 이월하여 차감하게 됩니다. 수정신고에 귀책사유가 없을 경우에는 과소·과납부 가산세가 부과되지 않으며, 차감액만 적용됩니다.
또한, 부가가치세의 경우에도 수정신고 시 과소신고 가산세 감면 규정이 적용됩니다. 법정신고기한부터 수정신고일까지의 기간에 따라 감면율이 달라지며, 1개월 이내에는 90%, 3개월 이내에는 75%, 6개월 이내에는 50% 등이 감면됩니다. 납부불성실 가산세는 감면 규정이 없으나, 매출처별 세금계산서 합계표 미제출 가산세는 1개월 이내 수정신고 시 50% 감면됩니다.