모회사가 자회사의 비용을 대납하는 경우, 세무상 여러 문제가 발생할 수 있습니다. 주요 문제점은 다음과 같습니다.
업무무관 비용 처리: 모회사가 자회사의 비용을 대납하면 해당 비용은 모회사의 업무와 무관한 비용으로 간주되어 법인세법상 손금으로 인정되지 않을 수 있습니다. 이는 법인세 추가 납부로 이어질 수 있습니다.
부당행위계산 부인: 모회사와 자회사는 특수관계인에 해당하므로, 시가보다 낮은 가격으로 양도하거나 높은 가격으로 매입하는 등 조세를 부당하게 감소시키는 거래를 할 경우 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 있습니다. 이 경우 세법상 시가를 기준으로 소득금액이 재계산되어 추가 법인세가 발생할 수 있습니다.
가지급금 인정이자 및 지급이자 손금불산입: 자회사에 대한 대여금이 업무무관 가지급금으로 분류되면, 모회사는 해당 가지급금에 대한 인정이자를 익금산입해야 하며, 가지급금에 해당하는 차입금 이자비용은 손금으로 인정받지 못할 수 있습니다.
가공세금계산서 문제: 실제 거래 없이 세금계산서를 주고받는 가공세금계산서 발급은 징역 또는 벌금형에 처해질 수 있으며, 부가가치세 범칙금도 발생할 수 있습니다.
세무조사 위험 증가: 자회사와의 거래는 국세청에서 예의주시하는 대상이므로, 비용 대납 등의 특수관계인 거래는 세무조사로 이어질 가능성이 높습니다.