근로소득 원천징수가 누락되면 근로자에게도 세금이 부과되나요?

근로소득 원천징수가 누락되면 원칙적으로 원천징수의무자(사용자)에게 원천징수세액과 가산세가 부과되지만, 일정한 경우에는 근로자(소득자)에게도 세금이 부과될 수 있습니다. 핵심은 원천징수가 누락된 소득이 근로자의 종합소득세 신고에 이미 반영되었는지, 아니면 과세관청이 근로자에게 직접 과세하는지입니다.

1. 원칙: 원천징수의무자에게 징수

• 납세지 관할 세무서장은 원천징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 기한까지 납부하지 않거나 미달하게 납부한 경우, 그 징수하여야 할 세액에 원천징수 등 납부불성실 가산세를 더한 금액을 원천징수의무자로부터 징수합니다.
• 다만 원천징수의무자가 원천징수를 하지 않은 경우에도 아래 두 가지에 해당하면 원천징수의무자에게는 가산세만 징수하고, 원천징수대상 소득세는 납세의무자(근로자)에게서 직접 징수하는 구조가 됩니다.
  1. 납세의무자가 신고·납부한 과세표준금액에 원천징수하지 않은 원천징수대상 소득금액이 이미 산입된 경우
  2. 원천징수하지 않은 원천징수대상 소득금액에 대해 납세의무자의 관할 세무서장이 근로자에게 직접 소득세를 부과·징수하는 경우

2. 근로자에게도 세금이 부과될 수 있는 경우

• 근로소득만 있어 종합소득세 확정신고 의무가 면제되는 근로자라 하더라도, 갑종 근로소득세 원천징수가 누락된 경우에는 불성실 가산세가 포함된 종합소득세로 근로자에게 부과될 수 있습니다.
• 근로자가 연말정산에서 부당한 방법으로 소득공제를 하여 과세표준을 과소신고한 경우에는 근로자가 직접 수정신고할 수 있고, 이 경우 과소신고 가산세 및 납부불성실 가산세를 부담할 수 있습니다.
• 원천징수의무자가 원천징수·지급명세서 신고를 하지 않은 경우, 단순히 신고서만 수정하는 문제가 아니라 원천징수세액 납부와 지급명세서 제출의무가 함께 문제 되며, 지급명세서를 제출기한 내에 제출하지 않으면 지급금액의 1%에 해당하는 지급명세서 제출불성실 가산세가 부과될 수 있고, 원천세 납부세액이 있으면 원천징수납부불성실 가산세도 적용될 수 있습니다.

3. 실무에서 함께 확인할 점

• 누락된 인건비가 근로소득인지, 사업소득인지 등 소득의 종류에 따라 원천징수 의무와 신고 방식이 달라집니다.
• 근로자가 이미 종합소득세 신고에서 해당 소득을 합산해 신고했는지, 아니면 과세관청이 결정·경정으로 직접 과세하는지에 따라 부담 주체와 가산세 적용이 달라질 수 있습니다.
• 연말정산 누락 공제를 나중에 추가하려면 지급명세서 제출 근로자는 납부기한 경과 후 5년 이내 경정청구나 다음 연도 5월 31일까지 종합소득세 확정신고로 반영할 수 있고, 과다공제를 받은 경우에는 추가 납부세액과 함께 가산세를 부담할 수 있습니다.

정리하면, 근로소득 원천징수 누락 시 1차 책임은 원천징수의무자에게 있지만, 해당 소득이 근로자의 신고에 이미 포함되었거나 과세관청이 근로자에게 직접 과세하는 경우, 또는 근로자가 부당하게 공제를 받은 경우에는 근로자에게도 세금과 가산세가 부과될 수 있습니다. 실제 적용 여부는 소득 종류, 과세기간, 신고·납부 여부, 경정 인지 시점 등에 따라 달라지므로 누락 경위와 현재 신고 상태를 먼저 확인한 뒤 관할 세무서나 세무 전문가에게 점검받는 것이 안전합니다.

최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.