부동산 매매 시 포괄양수도계약을 체결하면 부가가치세가 면제되나요?

사업의 포괄적 양도에 해당하면 부가가치세가 과세되지 않습니다. 다만 모든 부동산 매매가 자동으로 포괄양도로 인정되는 것은 아니고, 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는 경우에 한정됩니다.

• 부가가치세법 제10조제9항제2호는 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것은 재화의 공급으로 보지 않는다고 규정합니다.
• 부가가치세법 시행령 제23조는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것을 사업 양도로 보면서, 미수금·미지급금 및 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것은 포함하지 않아도 포괄승계로 본다고 정합니다.
• 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등의 범위는 부가가치세법 시행규칙 제16조에서 정하며, 사업양도자가 법인인 경우 법인세법 시행령 제49조제1항에 따른 자산을 기준으로 봅니다.

실무상 자주 문제 되는 점은 다음과 같습니다.

• 사업과 직접 관련이 있는 토지와 건물을 제외하고 양도하면 사업 양도로 보기 어렵습니다.
• 부동산매매업자나 건설업자가 일부 부동산 또는 일부 사업장의 부동산을 매각하는 경우는 사업 양도에 해당하지 않을 수 있습니다.
• 종업원 전부, 기계설비 등을 제외하고 양도하는 경우도 사업 양도로 인정되지 않을 수 있습니다.
• 부동산임대업자가 임차인에게 부동산임대업에 관한 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 경우는 사업 양도에 해당하지 않습니다.

포괄양도 여부가 불분명할 때는 대리납부 제도를 이용할 수 있습니다.

• 사업의 포괄양도 또는 이에 해당하는지 여부가 분명하지 않은 경우, 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 날이 속하는 달의 다음 달 25일까지 부가가치세를 대리납부하면 재화의 공급으로 볼 수 있습니다.
• 이 경우 양도자는 공급시기에 양수자에게 세금계산서를 발급하고, 양수자는 그 매입세액을 공제받을 수 있습니다.

신고·제출 측면에서 유의할 점도 있습니다.

• 사업의 포괄적 양도에 해당하면 양도자는 부가가치세 폐업 확정신고 시 사업양도신고서와 사업양도양수계약서를 제출해야 합니다.
• 사업양도신고서는 부가가치세법 시행규칙 별지 제31호서식을 사용합니다.

정리하면, 부동산 매매라도 단순 자산 매매가 아니라 사업장 단위의 사업과 권리·의무를 포괄적으로 넘기는 구조라면 부가가치세가 과세되지 않을 수 있습니다. 그러나 사업의 종류, 양도 범위, 제외 자산의 포함 여부, 양수 후 사업 운영 방식에 따라 판단이 달라질 수 있으므로 계약서와 실제 승계 내용을 함께 확인해야 합니다.

최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.