거래사실확인통지서가 이미 발급된 뒤 이를 취하하는 별도의 절차는 확인되는 규정에 정해져 있지 않습니다. 따라서 통지서 자체를 취소·취하할 수 있다고 단정하기 어렵습니다.
매입자발행계산서 절차에서는 신청인 관할 세무서가 공급자 관할 세무서의 거래사실 확인 결과를 신청인에게 통지하고, 거래사실이 확인되면 신청인이 매입자발행계산서를 공급자에게 발급·교부하는 것이 원칙입니다. 신청인과 공급자 모두 확인 통지를 받은 경우에는 실제로 계산서를 전달하지 않아도 교부한 것으로 봅니다(소득세법 시행령 제212조의4 제9항부터 제11항까지).
아직 확인 통지가 나오기 전이라면, 신청을 접수한 관할 세무서에 신청 철회 의사를 서면으로 제출하고 처리 가능 여부를 확인하는 방법이 현실적입니다. 다만 제공된 규정에는 신청 철회의 방법·기한·효과가 구체적으로 정해져 있지 않으므로, 접수만으로 신청이 취하되었다고 보장할 수는 없습니다. 통지가 이미 나온 뒤라면 관할 세무서에 거래사실 확인 통지의 정정·취소 가능 여부와 매입자발행계산서 발급 절차의 처리 상태를 문의하시는 것이 안전합니다.
거래사실 확인을 신청할 때 거래의 존재와 내용을 입증할 책임은 신청인에게 있습니다. 거래가 실제와 다르거나 금액·거래일 등에 오류가 있다면, 이를 뒷받침하는 자료와 함께 사실관계를 설명해 세무서에 정정 또는 취소 가능성을 요청하셔야 합니다. 단순히 마음이 바뀌었다는 사유만으로 취하가 인정되는지는 확인되는 규정만으로 판단할 수 없습니다.