보건소에서 발급받는 보건증(건강진단결과서) 수수료에는 일반적으로 부가가치세가 붙지 않습니다. 지방자치단체인 보건소가 공공보건 업무로 제공하는 서비스는 부가가치세 면세에 해당하기 때문입니다.
부가가치세법은 국가·지방자치단체 등이 공급하는 재화·용역을 원칙적으로 면세하고, 시행령에서 정한 일부 거래만 과세 대상으로 제외합니다. 그 과세 제외 항목에는 특정 성형 진료용역과 일정한 동물 진료용역 등이 있지만, 보건소의 보건증 발급은 통상 그 예외에 해당하지 않습니다.
따라서 발급 수수료를 내더라도 그 금액에 부가가치세가 별도로 포함되는 것은 아닙니다. 다만 보건소가 아닌 민간 의료기관에서 발급받는 경우에는 공급 주체와 제공 내용에 따라 과세 여부가 달라질 수 있습니다.