법인지방소득세를 중복 신고했다고 해서 먼저 제출한 신고가 자동으로 취소된다고 단정할 수는 없습니다. 중복 신고만으로 앞선 신고의 효력이 없어지는지에 관한 기준은 확인된 정보에 없으므로, 신고내역과 납부내역을 확인하고 필요한 경우 관할 지방자치단체에 정정 절차를 밟으셔야 합니다.
법인세 신고내용을 수정한 것이라면 법인지방소득세도 별도로 수정신고해야 합니다. 「지방세법」 제103조의24에 따라 법인세 수정신고 내용을 관할 지방자치단체에도 신고하고, 수정신고 내용의 증명서류를 함께 제출해야 합니다. 수정으로 추가 세액이 생기면 납부해야 합니다.
반면 같은 사업연도 신고서를 단순히 두 번 제출한 경우는 법인세 수정신고와 구별해야 합니다. 신고서가 접수됐다는 사실만으로 기존 신고가 취소됐다고 보지 마시고, 신고내역에서 접수된 신고서와 납부세액을 확인하세요. 중복 납부까지 된 경우에는 납부된 금액이 실제로 어떻게 처리됐는지 확인한 뒤 환급 또는 정정이 필요한지 관할 지방자치단체에 문의하시는 것이 안전합니다.
또한 법인이 여러 지방자치단체에 사업장을 두고 있는데 한 지방자치단체에 일괄 신고한 상황이라면 별도의 주의가 필요합니다. 사업장별로 신고하지 않고 한 곳에 일괄 신고한 경우에는 법에 정한 가산세 특례가 적용되지 않을 수 있고, 법정 가산세가 부과될 수 있습니다. 따라서 단순 중복 제출인지, 법인세 수정에 따른 신고인지, 지방자치단체별 신고를 잘못한 것인지에 따라 처리 방법이 달라집니다.