회사가 직원에게 월세를 현금으로 보전해 주면 일반적으로 근로소득으로 과세됩니다. 월세 지원이라는 이름이나 실제 월세에 사용했다는 사정만으로 비과세가 되지는 않습니다.
소득세법 제20조는 근로를 제공하고 받는 급여·수당과 비슷한 성질의 소득을 근로소득으로 봅니다. 같은 법 시행령 제38조도 주택수당 등 유사한 급여를 근로소득에 포함하고 있어, 직원에게 현금으로 지급해 자유롭게 사용할 수 있는 월세 보전금은 보통 급여에 포함해 처리합니다.
따라서 회사는 해당 지원금을 급여에 반영해 근로소득세를 원천징수하고 연말정산에 포함하는 것이 일반적입니다. 근로소득세는 개인의 급여와 공제 등에 따라 달라지므로, 지원금만으로 세액을 정할 수는 없습니다.
다만 회사가 주택을 직접 임차해 직원에게 제공하는 방식은 직원에게 현금을 지급하는 경우와 과세 판단이 다를 수 있습니다. 또한 회사 비용으로 업무상 실제 지출을 정산하는 경우도 성격과 증빙에 따라 달라질 수 있으므로, 임대차계약 명의, 지원금 지급 방식, 회사 규정 및 실제 정산자료를 함께 확인하셔야 합니다. 질문하신 것처럼 직원에게 월세 상당액을 현금으로 지급하는 경우라면 과세 대상 근로소득으로 보는 것이 원칙적인 처리입니다.