총공사예정원가에는 공제받을 수 있는 부가가치세 매입세액은 원칙적으로 포함하지 않고, 공제받지 못하는 매입세액은 포함합니다. 다만 공사비 예산이나 계약금액을 말하는 것이라면 실제 지급할 부가가치세를 포함해 표시할 수 있으므로, ‘원가’와 ‘지급액’을 구분해야 합니다.
부가가치세 과세사업에 사용할 목적으로 공사 용역을 공급받고 적법한 세금계산서 등 요건을 갖춘 경우, 그 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이 기본입니다. 따라서 공제 가능한 세액은 공사원가에 넣기보다 부가가치세 신고에서 공제받을 금액으로 처리하는 것이 일반적입니다(부가가치세법 제38조).
반대로 면세사업에 사용하는 공사, 사업과 직접 관련 없는 지출, 세금계산서 미수취 등 법에서 정한 불공제 사유에 해당하는 매입세액은 공제할 수 없습니다(부가가치세법 제39조). 이때 공사에 직접 관련된 불공제 세액은 회계상 공사원가나 해당 자산의 취득가액에 반영할 수 있습니다.
과세사업과 면세사업을 함께 하는 공사라면 공사 관련 매입세액을 먼저 실제 사용 용도에 따라 구분합니다. 용도를 나눌 수 없는 공통 매입세액은 원칙적으로 면세 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율로 안분해 면세사업 관련분을 공제하지 않습니다(부가가치세법 제40조, 같은 법 시행령 제81조).
따라서 총공사예정원가를 작성하실 때는 공제 가능한 매입세액을 뺀 금액을 원가로 산정하고, 공제 불가능한 세액은 원가에 반영하는 방식으로 구분하시면 됩니다. 견적서의 부가가치세 포함 총액은 실제 지급할 금액과 맞춰 별도로 관리하는 것이 좋습니다.