연구 세액공제에서 말하는 임원은 등기 임원만을 의미하나요?

연구·인력개발비 세액공제에서 말하는 임원은 등기 여부만으로 정하지 않습니다. 등기되지 않았더라도 실제 맡은 직무가 임원에 해당하면 임원으로 볼 수 있습니다.

다만 임원이라는 이유만으로 인건비가 모두 공제 대상에서 빠지는 것은 아닙니다. 조세특례제한법 시행규칙 제7조제3항은 연구업무를 수행하는 연구전담요원·연구보조원 등의 인건비를 대상으로 하면서, 그중 일정 요건에 해당하는 ‘주주인 임원’을 제외합니다. 예를 들어 주식매수선택권을 모두 행사하면 발행주식의 10%를 초과해 소유하게 되는 사람, 지배주주 등이거나 발행주식의 10%를 초과해 소유한 주주, 그리고 일정한 특수관계인이 해당할 수 있습니다.

임원인지 판단할 때는 직함이나 등기 여부보다 실제로 어떤 업무와 권한을 행사하는지가 중요합니다. 따라서 미등기 임원도 실질적으로 임원 직무를 맡았다면 임원으로 판단될 수 있고, 반대로 명칭에 ‘임원’이 들어가더라도 실제 직무가 임원에 해당하는지는 별도로 살펴야 합니다.

실무에서는 해당자의 실제 업무, 주주 여부와 지분율, 지배주주 또는 특수관계인 해당 여부를 확인하셔야 합니다. 또 임원으로 판단되더라도 위 제외 요건에 해당하지 않는다면, 연구업무에 실제 종사하는지 등 인건비의 다른 공제 요건을 충족하는지 따로 검토해야 합니다.