면세비율이 높을수록 세금을 적게 내는 것이 맞나요? 그리고 면세는 공제와 다른 개념이라서 재계산 시 비율에 따라 공제액이 달라지는 것인가요?

아닙니다. 면세비율이 높아진다고 사업자가 세금을 더 적게 내는 것은 아닙니다. 면세는 해당 매출에 부가가치세를 붙이지 않는다는 뜻이고, 그 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 공제받지 못합니다.

헷갈리신 부분은 이렇게 나누어 보시면 됩니다.

• 면세매출: 그 매출에 부가가치세를 매기지 않습니다.
• 면세사업 관련 매입: 그 사업을 위해 부담한 부가가치세는 원칙적으로 공제되지 않습니다.
• 공통매입세액: 과세사업과 면세사업에 함께 쓰여 어느 쪽에 얼마가 쓰였는지 구분하기 어려운 매입세액은 면세비율 등을 기준으로 나눕니다. 면세비율이 높을수록 공제되지 않는 몫이 커집니다.

따라서 감가상각자산의 공통매입세액을 이미 일부 공제받은 뒤 재계산할 때는, 면세비율이 높아지면 공제받을 수 있는 몫이 줄어들어 납부세액에 가산되고, 면세비율이 낮아지면 공제받을 수 있는 몫이 늘어 납부세액에서 차감되는 방향입니다. 여기서 재계산은 면세비율 자체에 세금을 매기는 절차가 아니라, 해당 자산에 대해 처음 공제했던 매입세액을 바뀐 과세·면세 사용 비율에 맞춰 조정하는 절차입니다.

예를 들어 과세사업과 면세사업에 함께 쓰는 건물의 매입세액을 처음에 80% 공제받았는데, 이후 면세 사용 비율이 커져 공제 가능한 몫이 줄었다면 그 차이를 다시 조정합니다. 반대로 면세 사용 비율이 낮아져 공제 가능한 몫이 커지면 차액만큼 조정할 수 있습니다.

다만 비율 차이가 5% 이상이어야 재계산 대상이며, 취득 시점에 적용한 비율(이미 재계산한 적이 있으면 직전 재계산 때의 비율)과 비교합니다. 재계산은 해당 과세기간의 확정신고와 함께 신고·납부합니다. 자산 종류와 경과 과세기간에 따라 조정액도 달라지므로, 비율 방향만으로 실제 세액까지 정해지는 것은 아닙니다.