사업재개를 목적으로 장기간 휴업하며 임차료 등 관련 비용을 지불하고 증빙을 갖춘 경우, 휴업 중 발생한 마이너스 매출에 대해 부가세 환급을 받은 것을 불공제 처리하는 것이 부가세법상 합당한가요?

장기간 휴업했다는 사정만으로 휴업 중 발생한 매입세액을 일괄 불공제하는 것은 부가가치세법상 당연한 결론은 아니며, 사업재개를 위한 실제 지출인지와 매입세액 공제 요건을 따져야 합니다.

부가가치세법 제38조는 사업자가 자기 사업을 위해 사용했거나 사용할 목적으로 공급받은 재화·용역의 매입세액을 공제하도록 합니다. 매입세액이 매출세액보다 크면 그 차액은 환급세액이 될 수 있습니다(제37조). 따라서 휴업 중 매출이 없거나 적어 매입세액이 매출세액을 초과했다는 이유만으로 환급을 배제할 수는 없습니다. 다만 이는 ‘매출이 마이너스’라는 뜻이 아니라, 공제 가능한 매입세액이 매출세액보다 큰 상태입니다.

말씀하신 임차료와 관련 비용은 실제로 부담했다는 사실뿐 아니라, 해당 지출이 사업을 유지하거나 재개하기 위한 것이고 과세사업과 관련됐다는 점이 확인되어야 합니다. 세금계산서 등 적격 증빙도 필요하며, 사업과 직접 관련 없는 비용, 면세사업 관련 비용, 기업업무추진비, 공제 제한 대상 자동차 비용 등 법에서 정한 불공제 항목은 증빙이 있어도 공제되지 않을 수 있습니다(부가가치세법 제39조). 과세사업과 면세사업에 함께 쓰인 비용이라면 사업 관련 부분을 구분하고, 구분할 수 없는 공통비용은 안분해야 합니다.

임대차계약서, 반품명세서, 비용 지급자료와 사업재개 계획은 사업 관련성을 뒷받침하는 자료가 될 수 있습니다. 브랜드 계약서와 법정관리인의 도장이 찍힌 폐점 기안서도 함께 살펴볼 자료이지만, 그 문서만으로 실제 폐업이나 사업재개 의사, 각 비용의 사업 관련성이 확정되는 것은 아닙니다. 특히 폐점 절차가 실제로 진행되어 사업을 재개할 의사 없이 정리 단계에 들어간 상황이라면, 해당 기간의 지출이 계속 과세사업을 위한 것인지가 쟁점이 될 수 있습니다. 반대로 사업자등록을 유지한 채 재개를 준비했고 지출의 필요성과 사용처가 확인된다면, 휴업 기간이 길다는 이유만으로 공제를 부인하기는 어렵습니다.

따라서 불공제 처분의 적법성은 휴업 기간의 길이만이 아니라 각 매입의 사업 관련성, 과세사업 사용 목적, 적격 증빙, 불공제 항목 해당 여부 및 실제 폐업 여부를 거래별로 확인해 판단해야 합니다. 처분을 받으셨다면 불공제된 매입세액별로 세금계산서, 지급내역, 계약·반품 자료, 휴업 중 사업 유지 및 재개 준비 자료를 대조해 어떤 사유로 배제됐는지 확인하시는 것이 우선입니다. 부가가치세법 시행령상 휴업일은 원칙적으로 실제 휴업한 날이며, 실제 휴업일이 분명하지 않으면 휴업신고서 접수일을 기준으로 합니다(시행령 제13조제6항).