하도급사업자가 하도급대금을 발주자로부터 일부만 직접 수령하는 경우, 세금계산서는 누구에게 어떻게 발급해야 하나요?

하도급사업자가 공사용역을 원청업체(수급인)에게 공급한 거래라면, 발주자가 하도급대금의 일부를 직접 지급하더라도 세금계산서는 하도급사업자가 원청업체를 공급받는 자로 하여 실제 공급한 공사분에 대해 발급하는 것이 원칙입니다.

발주자의 직접 지급은 대금이 전달되는 방식일 뿐, 그 자체로 용역을 공급받은 자가 발주자로 바뀌는 것은 아닙니다. 따라서 직접 받은 금액만큼 발주자에게 별도의 세금계산서를 발급하거나, 같은 공사분을 원청업체와 발주자 양쪽에 중복 발급하지 않도록 주의하셔야 합니다. 하도급사업자가 해당 공사용역의 세금계산서를 이미 원청업체에 발급했다면, 발주자가 일부 대금을 대신 지급했다는 이유만으로 발주자에게 다시 발급하지 않습니다.

세금계산서는 실제 용역 공급자와 공급받는 자 사이의 거래를 기준으로 하며, 공급시기에 발급해야 합니다(부가가치세법 제32조·제34조). 공사 진행에 따라 기성분을 나누어 청구하는 경우에는 실제 공급한 기성분에 맞춰 발급하고, 발주자가 직접 지급한 금액은 그 대금의 지급·정산 내역으로 관리하시면 됩니다. 계약서, 하도급계약 및 직불합의서, 기성 확인자료, 세금계산서와 입금내역을 서로 대조해 공급받는 자와 발급 금액이 일치하도록 정리하는 것이 좋습니다.

제공된 국세질의도 하도급사업자가 세금계산서를 원청업체에 발급한 뒤 발주자로부터 하도급대금을 직접 받는 경우, 발주자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급할 수 없다고 봅니다. 다만 계약·거래 구조상 하도급사업자가 실제로 발주자에게 직접 용역을 공급한 별도 거래라면 결론이 달라질 수 있으므로, 계약서와 실제 시공·검수 관계를 기준으로 판단해야 합니다.