예상 부가가치세에서 불공제 매입세액이 생기는 주된 이유는 매입 때 부가가치세를 부담했더라도 그 지출이 공제 요건을 갖추지 못하면 매출세액에서 빼지 못하기 때문입니다.
부가가치세는 기본적으로 매출세액에서 사업을 위해 사용하거나 사용할 목적으로 매입한 재화·용역의 매입세액을 공제해 계산합니다. 다만 부가가치세법 제39조는 일정한 매입세액을 공제 대상에서 제외합니다. 따라서 예상세액을 계산할 때는 매입 부가세를 모두 빼는 것이 아니라, 공제 가능한 매입세액만 차감해야 합니다.
대표적인 불공제 사유는 다음과 같습니다.
과세사업과 면세사업을 함께 하는 사업자는 매입이 어느 사업에 쓰였는지 구분해야 합니다. 실제 사용처를 나눌 수 있으면 그 구분에 따르고, 구분할 수 없는 공통 지출은 원칙적으로 면세 관련 공급가액 비율 등을 기준으로 안분해 면세사업 몫을 공제하지 않습니다. 따라서 예상 부가세의 불공제액은 매입세액 자체가 잘못되었다는 뜻이 아니라, 그 매입세액을 매출세액에서 차감할 수 없다는 뜻입니다.
검토할 때는 세금계산서 등 증빙, 지출의 사업 관련성, 실제 사용처, 거래 상대방과 차량·접대·면세사업·토지 관련 여부를 확인하시면 됩니다. 불공제 매입세액이 있다면 신고서에 관련 명세서를 함께 제출해야 할 수 있습니다.