제조원가에 넣는 원재료비는 매입세액 공제가 가능한 부가가치세라면 원칙적으로 제외하고, 공제받지 못하는 부가가치세라면 원재료 취득원가에 포함하는 방식으로 구분하셔야 합니다. 다만 개별소비세 과세표준을 위한 제조원가 계산에서는 제시된 기준에 부가가치세를 별도 항목으로 더하라는 내용은 없습니다.
부가가치세법상 사업에 사용할 목적으로 공급받은 재화의 부가가치세는 매출세액에서 공제하는 매입세액이 될 수 있습니다. 이처럼 공제받을 세액은 사업자가 최종 부담하는 원재료 원가가 아니므로 제조원가에서 빼는 것이 일반적인 처리입니다. 반대로 사업과 직접 관련이 없거나, 면세사업 관련 매입 등 법에서 공제를 제한하는 매입세액은 공제할 수 없습니다. 그런 세액은 사업자가 실제 부담하므로 원재료 취득원가에 포함하는지 확인해야 합니다.
개별소비세법 시행령 제10조의 제조 총원가는 원재료비·보조재료비·노무비·경비·일반관리비·판매비 중 해당 물품에 배부되는 금액으로 구성됩니다. 원재료비에는 원재료 구입가격, 관세, 구입 관련 비용 등이 포함되지만, 이 기준만으로 모든 부가가치세를 원재료비에 포함한다고 볼 수는 없습니다.
실무에서는 세금계산서의 공급가액과 부가가치세를 나누어 기록하고, 해당 매입세액이 실제 공제 가능한지 확인한 뒤 원가에 반영하시면 됩니다. 공제 가능한 매입세액을 원가에도 포함하면 원가가 중복 계산될 수 있고, 공제받지 못하는 세액을 원가에서 누락하면 원가가 과소계상될 수 있습니다. 공통매입세액처럼 과세·면세사업에 함께 쓰여 전액 공제되지 않는 경우에는 실제 귀속이나 안분 결과에 따라 처리해야 합니다.