일반적인 PG 거래에서는 PG사가 가맹점(쇼핑몰 사업자)에게 PG 결제대행 수수료에 대한 세금계산서를 발급합니다. 소비자가 결제한 상품대금 전체가 아니라, PG사가 가맹점에 제공한 결제대행 용역의 대가인 수수료가 기준입니다.
PG사가 소비자 결제대금을 받아 수수료를 뺀 뒤 가맹점에 정산하더라도, 정산액 자체가 세금계산서 발급 기준이 되는 것은 아닙니다. 가맹점은 PG사의 수수료 세금계산서를 매입 증빙으로 받고, PG사는 그 수수료를 자신의 용역 공급가액으로 처리하는 것이 일반적입니다.
다만 거래 구조가 단순 결제대행이 아니라 PG사가 자기 책임과 계산으로 소비자에게 재화·용역을 공급하는 구조라면, 공급가액과 세금계산서 발급 주체가 달라질 수 있습니다. 계약서와 실제 거래에서 누가 판매자이고, 상품·서비스 제공 책임을 부담하는지 확인하셔야 합니다.
부가가치세법 제32조는 과세 재화·용역을 공급하는 사업자가 공급받는 자에게 세금계산서를 발급하도록 정하고 있습니다. 따라서 실제 PG 용역의 공급자가 PG사이고, 그 용역을 공급받는 자가 가맹점이라면 PG사가 가맹점에 발급합니다. 세금계산서는 원칙적으로 용역 공급시기에 발급하며, 법에서 정한 요건에 따라 공급시기 전 발급 등 특례가 적용될 수 있습니다.