A사업 지원금을 B업체에 먼저 지급하고 세금계산서를 발행했는데, 지원금이 B업체로 입금된 후 B업체가 우리 회사로 다시 돈을 보내면서 세금계산서를 발행하겠다고 합니다. 이 절차가 맞나요?

지원금이 B업체 계좌에 들어왔다는 이유만으로 B업체가 귀사에 새 세금계산서를 발행하고 돈을 보내는 것이 맞는 것은 아닙니다. 그 돈이 귀사가 먼저 지급한 같은 거래대금의 반환인지, B업체가 귀사에 실제로 공급한 별도 용역의 대가인지에 따라 처리해야 합니다.

• 같은 거래대금의 반환·정산이라면: B업체가 새로 세금계산서를 발행해 귀사에 지급하는 방식은 실제 거래와 다른 세금계산서가 될 수 있습니다. 지원금이 누구의 몫인지, 귀사가 B업체에 먼저 준 돈을 지원금으로 대체하는 것인지, 기존 계약금액이 줄거나 취소되는 것인지부터 계약서·지원금 정산서·입금내역으로 확인해야 합니다. 기존 공급이 취소되거나 공급가액이 바뀐 경우에는 새 거래처럼 처리하기보다 기존 세금계산서를 수정해야 할 수 있습니다.
• B업체가 귀사에 별도의 재화·용역을 실제 공급한 경우라면: 그 별도 거래의 공급자와 공급받는 자, 공급 내용과 대가가 확인되는 범위에서 세금계산서를 발급할 수 있습니다. 다만 단순히 지원금을 귀사에 전달하는 행위만으로 별도 용역 거래가 되는 것은 아닙니다.

세금계산서는 원칙적으로 재화·용역의 공급자가 공급받는 자에게 발급하고, 공급시기에 맞춰야 합니다. 공급시기 전에 받은 돈에 대해 세금계산서를 발급하는 특례도 있지만, 이는 실제 공급의 대가를 기준으로 하는 규정이지 지원금 반환을 별도 매출로 만들 수 있다는 뜻은 아닙니다. 세금계산서 발급 후 계약 해제·공급가액 변동 등 사유가 생겼다면 수정세금계산서 대상인지 검토해야 합니다.

따라서 B업체에 새 세금계산서를 발행해 달라고 하기 전에, 당초 귀사가 발급한 세금계산서가 어떤 공급을 나타내는지와 이번 송금이 그 대금의 반환인지 확인하세요. 지원금 교부결정서·사업비 정산 기준, 양사 계약서, 당초 세금계산서, 실제 송금내역을 서로 맞춰 보고, 단순 반환이면 세금계산서를 새로 발급하는 대신 기존 거래의 정산 또는 수정 필요성을 검토하는 것이 안전합니다. 거래의 실질과 증빙이 일치하지 않으면 매출·매입 신고가 어긋나거나 매입세액 공제 문제가 생길 수 있습니다.