계약 상대 업체에 지급한 전자문서서비스 이용료 1,000원은 보통 서비스 이용료(비용)이고, 세금계산서에 부가가치세가 별도 표시됐다면 그 부가가치세는 매입세액으로 처리할 수 있습니다. 계약 상대 업체가 시스템에서 ‘매출업체’로 보이는지는 그 업체가 공급자라는 뜻일 수 있지만, 그 표시만으로 세목이 정해지지는 않습니다.
따라서 입력 화면에서 세목을 고르는 상황이라면, 비용은 서비스 이용료, 부가가치세가 확인될 때만 해당 세액을 매입세액으로 분리하는 방식이 일반적입니다. 세금계산서나 영수증에 부가가치세가 표시되지 않았다면 임의로 매입세액을 나누지 마세요. 공제되지 않는 매입세액에는 사업과 무관한 지출, 세금계산서 미수취 등 법정 사유가 있습니다(부가가치세법 제39조).